Mükerrem Ünlüer, 1964 yılında Erzurum’da doğdu. 1987 yılında İstanbul Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesi'nden mezun oldu.
1989-1992 yılları arasında Erzurum kaymakam adaylığı yaptı. Daha sonra sırasıyla Isparta'nın Gelendost ilçesinde, Artvin'in Yusufeli ilçesinde, Elazığ ilinin Palu ilçesinde, Sakarya'nın Ferizli ilçesinde kaymakamlık yapmıştır. İçişleri Bakanlığı İdari ve Mali İşler Daire Başkanlığı (2003-2007), Cumhurbaşkanlığı İdari ve Mali İşler Başkanlığı (2007-2012) ve İçişleri Bakanlığı Hukuk Müşavirliği (2012-2013) görevlerini yürüttü. Bir yıl süreyle İngiltere’de eğitim aldı. 26 gün süren Japonya’da Afet yönetim Kursu ve İçişleri bakanlığının düzenlemiş olduğu çok sayıda Mülki İdare seminerlerine katılmıştır. Sakarya Üniversitesi Kamu Yönetimi Bölümünde lisansüstü eğitimini tamamlamıştır. Görev yaptığı süre içerisinde 9 adet takdirname 1 adet Teşekkür Belgesi almış ve 1 kez de maaş ödülü ile ödüllendirilmiştir. 2 Ağustos 2013 tarihli Bakanlar Kurulu Kararı ile Bayburt Valiliği görevine atanmıştır. 15 Eylül 2014 tarih ve 6780 nolu müşterek kararname ile merkez valiliğine atandı.
26 Eylül 2014 tarihinde İçişleri Bakanlığı müsteşar yardımcılığına atandı. 7 Mart 2015 -28 Ağustos 2015 tarihleri arasında vekaleten İçişleri Bakanlığı Müsteşarlığı yapmıştır. 10 Ağustos Valiler Kararnamesi ile Kahramanmaraş Valisi olarak göreve başlamıştır.
Evli ve 2 çocuk babasıdır.